Sehubungan dengan ditetapkannya Keputusan Bupati Flores Timur Nomor 159 Tahun 2023 tentang Penetapan Penerapan BLUD pada RSUD dr. Hendrikus Fernandez Larantuka, tanggal 29 Mei 2023, maka hal tersebut secara esensial merupakan babak baru dalam pola pengelolaan RSUD dr. Hendrikus Fernandez Larantuka. Dalam rangka meningkatkan kinerja pelayanan kesehatannya, RSUD diberikan sejumlah keistimewaan berupa fleksibilitas, terutama berkaitan dengan pengelolaan keuangan, barang milik daerah dan sumber daya manusia. Penetapan penerapan BLUD pada RSUD dr. Hendrikus Fernandez Larantuka merupakan tahap akhir dari serangkaian kegiatan penilaian yang telah dilakukan sejak Januari 2023 oleh Tim Penilai Permohonan Penerapan BLUD. Kendatipun demikian, demi menunjang operasionalisasi kinerja BLUD RSUD maka diperlukan sejumlah Peraturan Bupati sebagai dasar pelaksanaannya.